Кременецький ботанічний сад було засновано у 1806 році ірландським садівником Діонісієм Міклером як ботанічний сад Кременецької гімназії. Талановитий майстер, «художник, який малює природою», як його називали, Д.Міклер приїхав у Кременець на запрошення місцевого магната Тадеуша Чацького, фундатора гімназії. Надзвичайна енергійність, невичерпна кількість нових ідей, рішучість та стрімкість характеру не дозволяли Д.Міклеру довго затримуватися на одному місці. Лише на території сучасної України ним було створено 28 парків.

У 1809 році він залишив Кременець, а посаду директора ботанічного саду зайняв Віллібальд Бессер. Бессер досліджував багату флору Кременеччини, вперше описав вже відомі місцеві рослини, відкрив кілька десятків нових видів. У 1811 році під його керівництвом був видрукуваний каталог рослин ботанічного саду. З 1810 до 1823 рр. колекція саду зросла з 2 до 12 тис. видів відповідно. Було встановлено зв'язки з багатьма ботанічними садами Європи та Америки.

У 1832 р. Кременецький ботанічний сад було переведено до м.Києва, де на його природній базі було створено теперішній ботсад ім.проф.Фоміна. Це було спричинено участю викладачів та студентів Кременецького ліцею (так стала називатися гімназія) у повстанні проти царського уряду. Але й до цього часу у Кременець на адресу ботсаду надсилають каталоги рослин зі Швеції, Данії, Фінляндії, Англії.

Відновлення ботанічного саду в Кременці розпочалося лише у 1990 р., коли постановою Ради Міністрів України його було оголошено об'єктом природничо-заповідного фонду загальнодержавного значення.У 1998 р. в Кременецькому ботсаду вже проводили чергову сесію Ради ботанічних садів України. А у 2001 р. установу було переведено у підпорядкування Міністерства екології та природніх ресурсів.

До 20 га історичної території саду приєднали ще 180 га прилеглих природніх масивів, зайнятих переважно лісовими насадженнями. Ботсад розташовано на одній з Кременецьких гір, флора яких просто унікальна: на їх схилах в природніх умовах росте багато видів, занесених до Червоної книги, рослин, що зустрічаються лише в цій зоні. Отже, місце для ботанічного саду було вибрано дуже вдало, і зараз необхідно надати йому гідного вигляду, який він мав у першій половині ХІХ ст.

Розробляється багато проектів щодо оформлення деяких ділянок ботанічного саду. Так, наприклад, планується відновити систему ставків, що були штучно зроблені за часів господарювання на цій землі польської родини Якубовських. Тепер ці ставки, у яких раніше водилися великі карпи, дуже засмічені та поросли ряскою. Для їх відновлення необхідні кошти. Ще один проект розроблено для західного схилу гори, де знаходиться піщаний кар'єр. Це — чудове місце для створення ландшафту Кримських гір. На інших ділянках планують зробити насадження, які б відтворювали флору різних природних зон України. Багато зусиль ще треба докласти, щоб втілити всі задумки у дійсність.

Над цим зараз і працюють співробітники саду: проводять дослідження, виводять нові сорти рослин, крок за кроком упорядковують різні куточки ботсаду. Очолює колектив директор Стельмащук Василь Григорович, людина енергійна та діяльна, з якою, як пересвідчилися волонтери, приємно мати справу.